Es zeugt von den intensiven archäologischen Aktivitäten seit dem 19. Jahrhundert. Die verstärkten Ausgrabungen seit Beginn der 1970er-Jahre haben die Schätze des Museums fortlaufend bereichert. Sie enthalten zahlreiche Zeitzeugen aus verschiedensten Epochen, von der Vorgeschichte bis in die moderne Zeit. Die Ausstellungsstücke wurden im Untergrund entdeckt oder stammen aus Bauwerken aus dem Kanton Waadt.

Das MCAH ist vielen nur durch seine öffentliche Aktivität bekannt und stellt in erster Linie die langfristige Konservierung, die Restaurierung, die Inventarisierung und die Studie der Ausgrabungsfunde im Kanton Waadt sicher und kümmert sich um ihre Aufwertung.

Die historischen Sammlungen bestehen aus Spenden, Vermächtnissen oder Käufen. Sie umfassen zahlreiche Objekte der angewandten Kunst von hoher Qualität.

Die ethnografischen, ägyptischen und griechisch-römischen Sammlungen des MCAH wurden grösstenteils im 19. Jahrhundert angehäuft. Zurzeit werden sie nicht in der Dauerausstellung des Museums präsentiert.

Im Jahr 2019 wurden die Sammlungen von Münzen und Medaillen des Staates Waadt in das Museum integriert, nachdem er vom Cabinet des Médailles, und dem Musée monétaire cantonal, verwaltet wurde.