Logé au 5e étage du Palais de Rumine, le département de zoologie a gardé une muséographie du 19e, voire du 18e siècle. L'exposition permanente possède un  charme désuet, surtout la salle d’anatomie comparée avec ses rangées de bocaux, de squelettes et de monstres à deux têtes.

Dans les galeries, des pièces impressionnantes vous attendent, comme le tigre, l’orignal  ou l'ours polaire. Avec ses 5m89, le grand requin blanc est le plus grand spécimen naturalisé au monde. Des expositions temporaires sont aussi présentées régulièrement, ainsi que diverses animations.