Il participe aussi aux programmes de sauvegarde des plantes rares et menacées en cultivant certaines d'entres elles.

Le Jardin botanique cantonal vaudois occupe 1,7 ha au sud-est de la place de Milan, à dix minutes à pied de la gare CFF et à proximité immédiate des transports publics. Ce musée vivant abrite quelque 4'000 espèces végétales. Agrémenté de pièces d'eau, il comprend de nombreuses rocailles accueillant des plantes alpines de tous les continents, un arboretum et une très riche collection de plantes carnivores. Plusieurs centaines de plantes médicinales sont présentées dans un jardin ordonné selon la systématique, dans une orangerie et dans une serre tropicale.

Conçu par l'architecte Alphonse Laverrière et le botaniste Florian Cosandey, le Jardin botanique actuel a été inauguré le 1er juin 1946. Il est inscrit à l'inventaire suisse des jardins historiques d'importance nationale.

Installé dans cet îlot de verdure, le Musée botanique cantonal conserve diverses collections dont un herbier fort d'un million d'échantillons, des herbiers peints et une bibliothèque spécialisée en biologie végétale (35'000 ouvrages).

Les collections du musée et la bibliothèque sont ouvertes toute l'année sur rendez-vous.